ฝรั่งเศสรู้สึกหวั่นใจในการอภิเษกสมรสครั้งนี้แต่แล้วกลับปิติยินดียิ่ง เอกอัครราชทูตฝรั่งเศสประจำเดนมาร์กทรงมีหนังสือกราบทูลไปยังพระเจ้าหลุยส์ที่ 15 แห่งฝรั่งเศสว่า "เจ้าหญิงไม่สามารถทำให้กษัตริย์ประทับใจได้และต่อให้เจ้าหญิงทรงทำพระองค์น่ารักกว่านี้ พระองค์ก็ต้องพบชะตากรรมเดียวกัน เพราะพระองค์จะมีปัญญาเอาอกเอาใจสวามีที่เชื่ออย่างจริงจังว่า การที่สามีแสดงความรักต่อภรรยาเป็นเรื่องไม่งามได้อย่างไร"[6] จากการที่ทรงไม่เป็นที่นิยมในราชสำนักและพระนางต้องทรงประทับเพียงลำพัง พระนางจึงสนิทกับหลุยส์ ฟาน เพลสเซน นางพระกำนัลซึ่งไม่ชอบพระสหายของพระราชาจึงปล่อยข่าวลือว่าพระเจ้าคริสเตียนทรงเป็นพวกรักร่วมเพศ

ถึงแม้พระนางมาทิลดาจะไม่มีพระสิริโฉมเป็นที่งามยิ่ง แต่พระนางทรงเป็นคนที่มีเสน่ห์ เหล่ารัฐมนตรีที่มาเข้าเฝ้าต่างบรรยายว่า "มีพระเกศาที่เป็นสีบลอนด์เงิน พระฉวีผุดผาดสะดุดตา พระพักตร์น่ารัก และพระเต้าที่ยากจะหาชายใดมองโดยไม่เกิดอารมณ์ได้ พระนางจึงเป็นสตรีที่ทำให้ผู้ชายทุกคนในราชสำนักเกิดอารมณ์ฟุ้งซ่านทางเพศ ยกเว้นพระสวามีของพระองค์เอง"[7] เมื่อพระสหายของพระเจ้าคริสเตียนชื่อ รีแวร์ดิล ขอร้องให้พระองค์ปฏิบัติต่อพระราชินีเหมือนผู้ที่ภรรยาพึงได้รับ พระเจ้าคริสเตียนตรัสตอบว่า "สำหรับข้า ข้ารู้สึกว่าเมื่อใดก็ตามที่อยู่บนเตียงเดียวกันกับนางที่เป็นสายเลือดแห่งกษัตริย์ นางควรได้รับการนับถือเกินกว่าจะเป็นคู่รัก"[8] และในขณะน้นพระเจ้าคริสเตียนทรงชื่นชอบสตอฟเล็ท-แคทรีนและทรงรักยิ่งกว่าพระมเหสี แต่แคทรีนได้ถูกพระพันปีจูเลียนาสั่งจับกุมและเนรเทศออกจากเดนมาร์ก เนื่องจากพระนางทรงเกรงว่าแคทรีนจะเข้ามามีอิทธิพลในราชสำนัก ซึ่งเกิดความบาดหมางระหว่างกษัตริย์และพระพันปีหลวง

แต่มีครั้งหนึ่งพระเจ้าคริสเตียนทรงร่วมแท่นบรรทมกับพระราชินี ซึ่งทำให้พระนางมาทิลดาทรงพระครรภ์ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2310 แต่สุขภาพจิตของพระเจ้าคริสเตียนกลับเสื่อมถอยลงอย่างรวดเร็ว ตอนที่พระนางมาทิลดาทรงประสูติพระโอรสพลานามัยแข็งแรงสมบูรณ์ พระนามว่า เจ้าชายเฟรเดอริค ก็ไม่ทำให้พระอาการทุเลาขึ้น รีแวร์ดิลได้เสนอให้พระเจ้าคริสเตียนเสด็จท่องเที่ยวทั่วยุโรปให้สำราญพระทัยในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2311 เสด็จประพาสอัลโทนา ปารีสและลอนดอน ระหว่างที่พระสวามีเสด็จประพาส พระนางมาทิลดาเสด็จพระราชดำเนินในกรุงโคเปนเฮเกนและเสด็จด้วยรถม้าในแต่ละเมือง ในฤดูร้อน ทรงพำนักที่พระราชวังเฟรเดอริคเบอร์กพร้อมกับพระราชโอรส